Секторот за регистри е надлежен за следните работи и задачи:

• воспоставување и ажурирање на регистрите потребни за имплементација на Интегриран административен контролен систем (ИАКС),
• воспоставување, ажурирање и грижа за ефикасно функционирање на базата за референтни цени, Единствениот регистар на земјоделски стопанства (ЕРЗС) и Системот за идентификација на земјоделски парцели (СИЗП),
• поврзување и кординација со Регистарот за идентификација и регистрација на животни и други надворешни регистри,
• подготовка на периодични и годишни извештаи за работата на секторот,
• соработка со другите сектори во Агенцијата,
• соработка со други органи на државната управа,
• соработка со приватниот сектор од доменот на ИКТ и
• соработка со релевантни домашни и странски институции за работи од својата надлежност.