Секторот за одобрување на проекти е надлежен за спроведување на националната Програма за финансиска поддршка на руралниот развој, а по добивањето на акредитација од страна на Европската Унија ќе ги спроведува и мерките од ИПАРД оперативната програма 2007-2010 година. Овој сектор е првичниот филтер за утврдување на квалитетни проекти кои ќе бидат финансирани од претпристапните фондови на Европската Унија.